Os reformadores do sistema de exploração mercantil aportaram em São Sebastião comandados por Tomé de Souza. O objetivo principal da esquadra era manter o sistema português de educação vigente no Brasil.

O Pe. Manuel da Nóbrega, membro da Companhia de Jesus, veio para o Brasil cumprir os preceitos da aplicação do dogma e da disciplina religiosa. Assim, estabeleceu-se na colônia a articulação dos poderes do Rei e de Deus, ou seja, da Coroa Portuguesa com a Igreja.

As revoluções Copernicana, Industrial e Francesa levaram a Coroa Portuguesa por meio da Universidade de Coimbra, dominada pela Companhia de Jesus, a enviar a esquadra de Tomé de Souza para o Brasil, visando a controlar os movimentos reformistas que proliferavam em várias capitanias.

O Brasil, inserido no antigo sistema colonial, foi reconhecido como um exemplo de colônia de povoamento pela ocupação organizada do território, levando a coroa portuguesa a liberar o comércio interno e a incentivar o panorama científico e educacional.

A reforma protestante e a revolução realizada por Nicolau Copérnico tiveram um grande impacto no sistema educacional do Brasil colônia. Para auxiliar neste processo, que pressupõe o desenvolvimento do dogma e da disciplina, a Companhia de Jesus enviou o Pe. Manuel da Nóbrega.