Trata-se de um importante exemplar do naturalismo brasileiro. Nele, as personagens são animalizadas e dominadas pelos instintos. A obra marca a história de trabalhadores pobres, alguns miseráveis, amontoados numa habitação coletiva.

A narrativa é um retrato da sociedade burguesa do século XIX e pode ser considerada uma das obras-primas da ficção romântica brasileira porque focaliza a heroína Rita Baiana em sua multiplicidade psicológica.

Todo o livro é marcado pela desilusão e pelo abandono dos ideais realistas. Defendendo os valores de pureza e retorno à vida pacata do campo, há nele fortes indícios do Romantismo que se anunciava no Brasil.

Narrado em primeira pessoa, O cortiço é uma análise da psicologia e da situação dos imigrantes no Brasil. Os perfis psicológicos e as análises de comportamento conduzem a história à idealização da mestiçagem brasileira, representada pela ascensão social dos portugueses Jerônimo e João Romão.

O tema da mulher idealizada é constante nessa obra. A figura da virgem sonhada é simbolizada pela lavadeira Rita Baiana e constitui uma forma de denúncia dos problemas sociais, tão freqüentes nos livros filiados à estética naturalista.