As populações indígenas foram escravizadas, suas riquezas confiscadas e a evangelização do Novo Mundo atribuída, pela Coroa, exclusivamente aos jesuítas.

Os indígenas, depois da execução dos seus imperadores, foram confinados dentro de missões religiosas e os espanhóis organizaram expedições para a captura dos fugitivos.

Os espanhóis fizeram incursões bem-sucedidas pelo interior do continente, dominaram culturas indígenas complexas e encontraram metais preciosos em abundância.

A agricultura de exportação foi a principal base do comércio colonial, sustentado por um sistema cooperativo de produção e pelo trabalho indígena compulsório.

O trabalho indígena eliminou a necessidade de escravos africanos, o lucro do comércio metropolitano permitiu afrouxar as regras do mercantilismo e estimular o sistema de frotas e galeões.